
Flora: Dentro del PNJK se han reportado 653 números de plantas, correspondientes a 112 familias, 342 géneros y 499 especies, encontrándose muy recientemente diez especies reportadas como nuevas para el registro de la flora de Honduras.
Fauna: Alberga una gran gama de especies de singular importancia para el mantenimiento de la biodiversidad regional y de especies amenazadas como ser el Manatí, Lagarto Americano, Tortugas Carey, así como una gran variedad de peces que son utilizados en las pesca artesanal, comercial y alimenticia. En lo referente a la vida silvestre encontramos que el grupo más numeroso es el de las aves registrándose un total de 245 especies que equivalen al 50% de las aves registradas en Honduras.
Paisaje: Vista de losFarallones Rocosos, Península de Punta Sal, Playas de Arena Blanca, Avistamiento de Fauna de acuerdo a las temporadas de migración de Aves y otras especies nativas del Parque, Flora exótica propia del Área Protegida.
Playas: La Playa de Cola, La Bolsa, Lefebre, Cocalito, Moja Bite, Puerto Caribe, Puerto Escondido, Playa del Romance, Playa del Amor, Playa de la Comunidad Garífuna de San Juan, Comunidad Garífuna de Tornabé, Comunidad Garífuna de Miami, Playa de Barra Vieja, Comunidad de la Comunidad Garífuna de Rio Tinto.
Bosques: Encontramos los siguientes tipos: Bosque Muy Húmedo Subtropical y el Bosque Húmedo Tropical, con transición al Subtropical. Las extensiones remanentes del Bosque Húmedo Tropical original en condiciones prístinas o inalteradas, son las últimas muestras existentes de este singular tipo de hoja ancha en esta Zona Costera.